Загрузить прошивку в МК AVR семейства Mega (а именно такой стоит в ардуине) можно разными способами(тремя видами программаторов):

Последовательным программатором по интерфейсу SPI
Через интерфейс JTAG
Параллельным (“высоковольтным”) программатором

Теперь по порядку.

( Читать дальше )